卷式微濾膜使用前，盡量不要拆封，一旦拆封要始終維持濕潤狀態。初次投入使用時，需先將系統產水進行排放，排放足夠時長后再正式運行。
嚴寒環境下，可在保護液中添加合適的防凍成分，避免膜元件受凍損壞。短期儲藏、運輸及系統停機時，建議用合規的保護液對膜元件進行浸泡處理，抑制微生物滋長。
使用前要對過濾器做好潔凈處理，所選濾膜提前充分浸泡，保證其性能穩定。消毒時將濕態膜貼在支撐板上，妥善放置密封墊圈，包裹后再進行熱壓消毒，避免微孔濾膜破裂。
全程做好無菌操作，避免手或非滅菌物品接觸濾膜、濾器內壁及培養皿內部，相關器具使用前要做好滅菌處理。
高顆粒物樣品需提前預過濾，防止膜面堵塞；若樣品含抑菌成分，需用對應的中和劑進行中和處理。過濾過程中控制好負壓，避免微生物因壓力受損。
每份樣品更換新濾膜，濾器使用后立即滅菌，每批次做陰性對照確認無雜菌污染。處理病原微生物時，要在生物安全柜中操作，使用后的廢棄物經滅菌后再丟棄。
日常運行中控制好進水污染指數、反洗壓力，把控好化學清洗的pH范圍，避免超出膜元件的耐受區間。多段系統清洗時，要分階段進行高流量循環，保證各段的循環流量處于合理區間。
酸洗過程中隨時檢查清洗液pH值的變化，酸洗液的總循環時長不宜過長，避免污染物重新沉積在膜表面。系統長時間停機時，要將膜元件妥善保存在合規的保護溶液中。
